Debido a la simetría pentaradial de estos organismos, su esqueleto presenta unas zonas características que se repiten 5 veces. Distinguimos 5 zonas ambulacrales (normalmente con placas de tamaño más pequeño), que separan 5 zonas interambulacrales (normalmente de placas más grandes). La superficie de las placas presenta pequeñas protuberancias o tubérculos, en el que se insertan espinas calcificadas. Estas espinas pueden moverse gracias a la musculatura. Algunos presentan unas varillas o apéndices alargados denominados radiolas, con grosores y funciones variadas, que a la muerte del animal también pueden fosilizar.
Dentro de los equinoideos distinguimos dos grupos principales según la forma del esqueleto: los regulares o endocíclicos, con simetría pentaradial y los irregulares o exocíclicos, con simetría bilateral secundaria sobreimpuesta a la pentaradial.
- Equinoideos regulares o endocíclicos (fig.25): Suelen vivir en la superficie o en las grietas de un sustrato rocoso marino. El esqueleto de los erizos regulares tiene forma subesférica, y en él se diferencia un hemisferio aboral, donde se localiza el periprocto o ano, y un hemisferio oral, más aplanado, en cuyo centro se localiza el peristroma o boca. En la boca se localizan 5 piezas calcáreas o dientes, que forman parte de un complejo aparato masticador interno, denominado linterna de Aristóteles.
- Equinoideos irregulares o exocíclicos (fig. 26): Viven enterrados en el sedimento fangoso marino. Presentan un esqueleto de forma globulosa, más o menos acorazonada, con una simetría bilateral secundaria sobreimpuesta a la pentaradial. En el cuerpo el ano, la boca, o ambos, se encuentran desplazados respecto a la posición que ocupan en los erizos regulares: el ano emigra hacia una posición posterior, y la boca se mantiene en el plano oral, pero ligeramente desplazada anteriormente.
